Fundację Pro Kolej założyło w 2013 r. pięć, w większości międzynarodowych firm znaczących dla rozwoju polskiego rynku kolejowego, które na co dzień zwykły twardo ze sobą rywalizować. Przedsiębiorcy ci chcieli wspólnie zabrać głos w sprawie, która ich łączy – przyszłości kolei. Z czasem do Rady Fundacji dołączyły kolejne firmy - zarządcy infrastruktury, producenci taboru, przemysł kolejowy.
Celem działania Fundacji od początku jest poszerzanie możliwości rozwoju transportu kolejowego, ochrona praw klientów i użytkowników kolei oraz prezentacja potencjału i potrzeb sektora – liderom opinii, mediom, politykom oraz krajowej i europejskiej administracji.
Organizacja aktywnie działa na rzecz poprawy wizerunku polskiej kolei, transparentności warunków jej działania, wsparcia rozwoju i zwiększenia bezpieczeństwa przewozów oraz inwestycji w sektorze. Podkreśla zarówno wagę modernizacji taboru, infrastruktury jak i jakości prawa regulującego działalność przedsiębiorstw kolejowych.
Doświadczenie ekspertów związanych z Fundacją oraz samej organizacji opiera się na szeregu przeprowadzonych z sukcesem projektów. Pozwala na dzielenie się wiedzą w zakresie szans i zagrożeń dla branży oraz pozytywnych efektów gospodarczych i społecznych rozwoju transportu kolejowego. Daje też podstawy bezpośredniego formułowania ocen i propozycji rozwiązań problemów branży. Wiarygodność i rozpoznawalność organizacji wzmacnia jej pozycję w debacie na temat kształtu polskiej i europejskiej polityki transportowej.