Według sytuacji na godz. 8.00 dnia 21 czerwca 2010 r. przerwy w ruchu pociągów spowodowane powodzią trwały na następujących odcinkach liniach kolejowych:
-
na linii Tarnów – Nowy Sącz – Muszyna – Krynica pociągi pasażerskie kursują jedynie na odcinku Stróże – Nowy Sącz; z kilkunastu uszkodzeń linii, do jakich doszło na początku czerwca, większość zostało naprawionych; linia jest obecnie jeszcze nieprzejezdna na odcinkach: Kłokowa – Łowczówek Pleśna (podmycie nasypu, naprawa zostanie ukończona do 15 lipca) Nowy Sącz – Stary Sącz (zerwany most na Popradzie), Rytro – Piwniczna (naprawa zostanie ukończona do końca lipca), Piwniczna – Wierchomla (naprawa zostanie ukończona do końca lipca), Wierchomla – Żegiestów (naprawa zostanie ukończona do końca lipca),
-
na linii Stróże – Jasło nieczynne są odcinki: Biecz – Skołyszyn ((naprawa zostanie ukończona do 20 lipca), Skołyszyn – Przysieki (naprawa zostanie ukończona do 15 lipca), Przysieki – Jasło Niegłowice (naprawa zostanie ukończona do 15 lipca),
-
na stacji Sandomierz i odcinkach Sandomierz – Grębów oraz Zalesie Gorzyckie – Sandomierz – Sobów, ruch na odcinku Skarżysko Kamienna – Sandomierz przy użyciu lokomotyw spalinowych zostanie wznowiony do 30 czerwca,
-
na linii Pszczyna – Żory, odcinek Pszczyna – Radostowice, ruch pociągów pasażerskich skierowany przez stacje Chybie i Dębina, wprowadzono zastępczą komunikację autobusową; naprawa zostanie zakończona do 15 lipca,
-
na odcinku Kraków Mydlniki – Kraków Bronowice (tylko ruch towarowy);
Utrudnienia w ruchu pociągów spowodowane powodzią, burzami i ulewnymi deszczami występują m.in. na odcinkach:
-
na odcinku Starachowice – Kunów (linia Skarżysko Kamienna – Stalowa Wola) ruch prowadzony po jednym torze, sąsiedni tor położony na osuwającej się skarpie jest wyłączony z ruchu,
-
na odcinku Kobiór – Pszczyna (linia Katowice – Bielsko Biała) ruch prowadzony jest po jednym torze, sąsiedni tor zamknięty z powodu osuwiska, naprawa zostanie zakończona do 15 lipca,
-
na odcinku Most Wisła – Ochodza (linia Most Wisła – Chybie) ruch prowadzony po jednym torze, tor sąsiedni zamknięty z powodu podmycia, naprawa zostanie zakończona do 15 lipca,
-
na odcinku Sędziszów Małopolski – Trzciana (linia Kraków – Rzeszów) zamknięty jeden tor z powodu osunięcia nasypu, ruch odbywa się po sąsiednim torze, naprawa zostanie zakończona do 10 lipca;
Trwa naprawa uszkodzonych odcinków i szacowanie strat spowodowanych powodziami. W niektórych przypadkach szkody są tak poważne, że naprawa będzie musiała potrwać nawet do lipca. Łączna długość torów zamkniętych dla ruchu pociągów na skutek powodzi wynosi 90,2 km.
W związku z zamknięciem Wału Miedzeszyńskiego, SKM Warszawa wspólnie z Zarządem Transportu Miejskiego uruchomiły w dniach 21 czerwca – 2 lipca 21 dodatkowych pociągów w relacji Warszawa Falenica – Warszawa Wschodnia.
Straty w infrastrukturze kolejowej spowodowane powodzią mogą sięgnąć kwoty 300 milionów złotych.